Под управлением ФГБУ «Национальный парк «Русская Арктика» находятся две особо охраняемые природные территории: национальный парк «Русская Арктика» и государственный природный заказник федерального значения «Земля Франца-Иосифа».
Учредителем ФБГУ «Национальный парк «Русская Арктика» является Правительство Российской Федерации. Свои полномочия учредитель осуществляет через Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации.
Цель деятельности ФБГУ «Национальный парк «Русская Арктика» определена в учредительных документах и состоит в сохранении природных комплексов и объектов, имеющих особую экологическую, историческую и эстетическую ценность.
Управляемые ФГБУ «Национальный парк «Русская Арктика» территории располагаются на северной оконечности острова Северный группы островов Новая Земля (национальный парк «Русская Арктика») и архипелаге «Земля Франца-Иосифа» (заказник «Земля Франца-Иосифа»). Штат учреждения и административное здание расположены в г. Архангельск.